到2月2号为止，所有获得2016中国城市足球联赛报名资格的球队都已确定下来，组委会对除2015赛季前16强球队外的所有其他报名球队进行了分区，这些球队将在今年的联赛阶段竞争另外的16个32强名额。

 赛区划分标准根据就近原则执行，组委会按照地域距离的远近将数量不等的城市划分到一个小组，每个小组即为一个独立赛区，全国一共分为9个赛区，在4月2日到6月26日的联赛阶段，每个小组进行分组积分赛，根据胜积3分、平积1分、负积0分的方法，选出9个小组中积分靠前的共16支球队晋级2016年32强阶段的比赛。

 Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ七个小组取积分前两名共14个名额；

 Ｈ组广西赛区的12支球队竞争1个名额；

 Ｉ组新疆赛区12支球队竞争1个名额。

2016中国城市足球联赛赛区分组情况